初めてトライする領域のPCRでは、当然プライマーも初めてのものを使用するわけです。鋳型DNAにプライマーがくっつく最適の温度（アニール温度）というものがありまして、先行研究のメソッドにはどのようなセッティングで実験したかが書かれているのですが、サーマルサイクラーの機種によっては、メソッドの通りではうまくいかない可能性があるらしいので、グラジェント機能を使って、そのプライマー最適のアニール温度を探るということをします。

グラジェント機能は、Fig.1の左から右へむかって、アニール温度を少しずつ上げていく機能です。しかししかし、なかなかそう簡単にはいきませんでした。結果は失敗に終わり(Fig.2)、これまでうまくいかなかったのはアニール温度が原因でないことが分かりました。

現在使っているプライマーは先行研究に於いてイグチ用に設計されたものなのですが、だからといって万能というわけではないようです。別の先行研究で設計されたものを試してみるということになります。