久しぶりに系統解析の実習をやってますが、どの解析プログラムを使えば良いのかを試行錯誤しています。特に最尤法においては、解析の定番「PAUP」では非常に時間がかかり途中で断念したことがありますが、他のプログラムを探したところ「RAxML」というのがありました。UNIX用のプログラムですがMac OS10は基本的にUNIXなのでRAxMLを使う事が出来ます。

操作はすべて「ターミナル」というコマンドを入力するウィンドウ内で行います。作業をしたいディレクトリに入り、プログラム名、ファイル名を入力して実行するという感じです。RAxMLにはマルチCPU用のバージョンもあり全CPUをフルに使って解析することができ高速な処理が期待できそうです。

画像は解析中の画面です。