形態に基づく分類には表形分類、分岐分類などがありますが、その具体的な方法については未勉強です。表形分類はあらゆる形質を等価に扱いタクソン間の類似度を求める方法、分岐分類は数ある形質の中から共有派生形質を用いて分岐の順番を決定する方法ということです。

どちらもややこしそうなので、とりあえずクラスタリングによる伝統的な分類方法を用いて類似近縁種のグラフを作りました。亜高山帯に発生するアメリカウラベニイロガワリ類似種3種のデータです。色の付いた球ひとつが、ひとつの標本を表しています。横軸は胞子の長さで、縦軸はかさ表皮を構成する菌糸の太さです。標本一つにつきN=100程度で計測を行い、その平均値をグラフにプロットしました。

3種類のイグチがそれぞれクラスターを形成しているのが一目瞭然となっています。ただ、青色と緑色の種では、若干の隙間が見られ研究結果としてはいまいちな精度です。サンプル数を増やせば、隙間が埋まるはずなのです。