Fig.1は、フロキシンBとコンゴーレッドを混ぜ合わせた液を濾紙に吸わせてしばらく時間をおいたものです。右端の濃い赤の箇所はコンゴーレッド、ピンクの箇所はフロキシンB、その左側は水といった具合に分離されています。それぞれ分子の大きさが異なっており触媒の中を進むスピードが異なるためこのような現象が起きます。これを「バンドが出た」といいます。この場合、水分子が最も小さくコンゴーレッドの分子が最も大きいといえます。

上記の性質を利用して「DNAの増幅に成功したか」を判定するために使われるのが電気泳動漕(Fig.2)です。漕の中はTAEバッファーという液体で満たされ、中央にゲル(寒天)を沈めてあります。ゲル作成時に5x2x5mm程度の穴を開けておき、そこへPCRでDNA増幅した液体を流し込みます。青い小さな四角が並んでいるのがそれです。漕の中に電流を流し電荷を持つ分子がゲルの中をどのように移動するのかを見るわけです。

DNA増幅した液体にはDNAと反応して蛍光を発する試薬を加えてあります。紫外線を照射するとFig.3のように光って見えます。Fig.4は電流を流した数分後の状態で、スタート時とほぼ同じ面積のまま移動しています。単一のバンドが出たということです。これは増幅したいDNA領域のみが、ねらい通り増幅されていることを意味しています。

まれにバンドが2重に出たりすることもあります(Fig.5)。コンタミなのか、たまたま増幅したいDNA領域とは異なった短い配列が増幅されてしまったのか？　第2のバンドは最終的に消えてしまったので、塩基配列を読みとる行程には影響はないであろうと判断しました。