勉強不足のため光学的な言及はできませんが、顕微鏡の開口絞りの開閉において、肉眼で認められる視野の変化は次の点です。

1. 視野の明るさ　絞る=暗く　開ける=明るく
2. コントラスト　絞る=高い　開ける=低い（淡い）
3. 被写界深度　　絞る=深い　開ける=浅い

言い換えれば、開口絞りを絞ると明度がさがり、コントラストが高くなり、ピントが合う範囲（レンズからの距離）が広くなるということですが、具体的にはFig.1のようになります。ピントも合っていて露出も適正ですがなんだかごちゃごちゃした画です。この写真の主人公は中央の担子器のつもりなのですが、ぱっと見、とてもそんな感じには見えません。

開口絞りを適正な値まで開くとどうなるのかというとFig.2のようになります。ひと目で主人公は誰なのかがわかる画となっています。「今、何を撮影したいのか？」に注意を払って開口絞りを操作することが重要であるといえます。Fig.3-4は、柄実質菌糸の例です。

意図的に絞り気味で撮影する場合もあります。「なんちゃってリアルタイム深度合成」を駆使する場合です(Fig.5)。コントラストを高くしたのちに実行するとよい結果が得られます。どのくらい絞ればいいのかは、いろいろ試してみるしかないでしょう。