「フリーウェアInkScapeで検鏡図を描く」において説明が不足している分がありましたので補足します。「レイヤーウィンドウ」が存在することがわかりました。その他、ツールの設定などと併せてPDFに簡単にまとめましたので、参考としてください。

補足PDFファイル

補足PDFファイル：その2　　　2010.12.29追加

また「レイヤー」の概念がよく理解できないと言う声がありましたので、動画で表現してみました。
「レイヤー」の概念 windows media file

実際の描画を収録した動画ファイルです。2011.12.22追加
drawDemo.wmv
上記作業で作成したサンプルファイルです。
DrawingDemo.zip