塩基配列を読みとる行程であるシーケンスは外部に委託します。かつては高額であったということですが、最近はリーズナブルな価格設定で受注する業者もあり個人が捻出する研究費でも十分まかなえるレベルになっています。

発注して1週間もすれば、生データと塩基配列が記されたテキストファイルが入手できます。生データには塩基を読み取った際の波形が描かれており(Fig.1)、黒はG、赤はT、緑はA、青はCであることが示されています。この例では、きれいな波形となっていますが、なんらかの原因でうまくシーケンスできなかった場合は、各色の波形が入り乱れてしまい塩基の順番を読み取ることは不可能となってしまいます。

波形の上方に記された「GAGTTGT」といった文字列を下記のBLAST検索で検索すれば、このデータが何の分類群のものであるのかがわかります。

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&BLAST_PROGRAMS=megaBlast&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&LINK_LOC=blasthome