前回はきれいに読めた波形を例に出しましたが、では、だめだった波形がどのようなものなのかというとFig.1のようになります。右端3塩基の波形は各塩基の色がほぼ重なってしまい「どれがホントなんだよー」ってな感じです。

このようなデータでも波形の上部には、機械的に波の一番高い色を読みとった文字列が記されており別途テキストファイルも添付されてきます。テキストファイルには下記の文字列が記されています。

GGCACCGTTTGTTCTTCCTGAGTCCGCTTGATTCATCCGTAACAGGGAAAGG ATTCCCTTGAAGTAGGCGCTTGCTTTAAAATCGGAAATGGTGAACTTCTCCCT GGCCGCCAACCTTTCCCCCAACAAAACACACCTGTGCACCGGTGGAAGGC CCCCAAAAAAGGATCTTTGTTTTTCACTTCCCACCCTTCGAAGGTCTTTGGAA GGTACCCGAAAGGCCAACTGGTTCACCAGGCCGGCGGTCAATAATTCAAAC AACTTTCAGCACCGGACCTTTGGGCTCTCGCATCAATAAAAACCCCACCGA ATTGCAATAATTATGGGGAATTGCAAATTTTCATTGATTCTTCCAACCTTTAA CCCCCCCTGGCCCCCCTTGGTTTTCCAAGAACCTGGCCGTTTTGATTGTCAC CAAATTCCCACCCTGGTCCCGTTCTTTTTCAGGGCAGGCTTGGAATTTGGGG GTTGGCTGGCGCCAAAAAGTTTTCACCCCCCCTAAATTGCATTACCAAAGGG CCGGCAATTCTAACTTGCCCGGCCTTCAACGTGTTATTGATCGCCTTGCCTG GACCTTCTGACTGGTGAAGGAACGTCCTGCTTCCAATCCTACCCTACTAGCC TTGACTACCATCGTCGTGAGTCGGCGAACTCAGTTGCCGGCCTGGTCATTCG AACTGACTCGATTCAGGTAGACTGCGTGACCTAAGCGATTCATAGCTAAGCA TGATCTAACGAATCCTTAGTACTGCAGTACGCAGCGAGTTCGATAGCATCTC GTCGTCGAGAGTATCACGCGTCGCATGACGGGTTCAGTCGT

試しにこれをBLAST検索してみると面白い結果がでます。検索の設定は[Choose Search Set]を[Others]に、[Program Selection]を[Highly similar sequences - 相同性の高いものを検索]にします。興味をもたれた方は是非やってみてください。

NCBI BLAST検索
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&BLAST_PROGRAMS=megaBlast&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&LINK_LOC=blasthome

BoletusのDNAを調べたのでホントならBoletusがヒットしなくてはならないはずが、なぜかLaccariaのデータがひとつだけヒットし84%の一致とでます。ここで早まった考え方をするのなら「標本にLaccariaの胞子がコンタミしており、それが増幅されてしまった。」となるわけですが、実際はそうではありません。全配列のうちわずか20%の部分が84%一致したというところに注目しなくてはなりません。

上記を整理すると「乱れた波形を機械的に読んだ不正確なデータの一部分20％が、たまたまLaccariaのデータと84%一致した」となります。