PCR実験での試行錯誤が続いています。あいかわらず良い結果を得ることができていないのです。具体的には、試料に含まれているDNAを解析に必要な量に増幅できていないということです。

増幅されたDNAをどうやって確認するのかというと蛍光を発する試薬「セーフダイ」を用います。PCR産物と試薬を混ぜ合わせると、試薬の分子とDNAが結合し紫外線を当てると黄緑色に光って見えるのです。PCRに失敗したと思われる試料は全く発光していないか、発光がごく弱い状態となっています。

原因を突き止めるには、原因となりうる要素をひとつずつ切り離し、PCRを繰り返すしかありません。PCRの行程には3時間を必要としますので1日に2回やってみるのが限界です。ここまでで確認できたことは、使用している試薬やサーマルサイクラーの設定には問題がないということです。Boletus以外の分類群では成功しているからです。

次回はプライマーを変えてみる、GCリッチ（試料にGCの配列が多く含まれている。通常の方法では増幅されないことが多い）を疑ってみるなどを試すことになります。